Hoewel de omgeving bij velen beter bekend staat als de Jura, is de regio Franche-Comte meer dan de Jura alleen. Het departement 'Jura' beslaat slechts een klein deel van de totale regio. In het zuiden van de regio bevindt zich het departement Jura, in het noorden Haute-Saône, in het oosten - grotendeels tegen het departement Alsace aan - het kleinste departement buiten de regio Île de France, Territoire de Belfort, en tegen de Zwitserse grens het departement Doubs. Het landschap is vrij heuvelachtig en op een groot aantal plaatsen woest van uiterlijk. Uitgestrekte bossen, snelstromende rivieren, weinig massa-toerisme: hier kunt u vrij genieten van de natuur en cultuur.

Haute-Saone

Doubs

Het departement Doubs is een middelgroot departement, grenzend aan Zwitserland. Het grootste deel van de inwoners van Franche-Comté woont in dit departement, wat tot gevolg heeft dat het gebied, vergeleken met Jura en Haute-Savoie, een vrij hoge bevolkingsdichtheid heeft. De rivier de Doubs kronkelt door het gebied heen, en heeft, net als enkele kleinere riviertjes, in de loop der tijd zijn sporen nagelaten in het landschap.

Jura

Het departement Jura kenmerkt zich door bosgebieden en heuvels. Geologisch gezien is het een interessant gebied, vanwege opvallende heuvelkammen en kloven, grotten, en bronnen. Rond de stad Clairvaux liggen verschillende grote meren.

Territoire de Belfort

Dit departement is, ondanks de geringe grootte, erg veelzijdig. In het noorden een gedeelte van het nationale park Vogezen, in het zuiden een waterrijk glooiend gebied.